高新技术企业的评定机构通常设在地方科技部门，由科技、财政、国税及地税四家组成评审机构，再按行业抽取相关专家共同组成评审组。虽然评审中采取隐去企业信息、公示评审结果等“具有重大改革意义”的环节，但到目前为止，评审过程仍以看材料为主，材料只要编制得当，符合相关标准，基本上都会获得通过。
为了促进企业技术创新，科技部、财政部、国家税务总局在2008年4月14日共同出台新的《高新技术企业认定管理办法》（下称《办法》），规定凡通过高新技术企业认定的（不论高新区内外），其企业所得税可在三年内从25％减为15％。
政策落定，国内高新技术企业申报代办机构一夜暴增。其中北京的代办机构与个人达到两三百家，为全国之最；长三角及珠三角次之，每个地区也有上百家之多。海南省因对获得认定的高新技术企业再给予50万元的创新经费支持，亦成为中介的抢滩之地。
这些顺应国家产业调整政策而生的高新企业认定中介，有会计师事务所、律师事务所，知识产权事务所，也有各种商务咨询机构、科技交流中心、科技顾问公司，还有声称与地方科技部门、知识产权管理部门“有关系”的单兵作战者。它们所提供的专业服务，不仅为申报高新企业跑程序，更能为企业创造申报“高新”所需的“条件”。
从“中国制造”向“中国创造”转变的产业政策导向，不经意间创造了新的“商机”。
根据《办法》规定，要通过国家高新技术企业的认定，需要同时满足六大条件，包括对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权（可通过自主研发，也可通过受让、受赠、并购等方式，或通过五年以上的独占许可方式获得），具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30％以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10％以上；研究开发费用总额占销售收入总额在3％-6％之间（不同规模有不同要求）；高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60％以上等。
2008年底，全国有15541家企业通过新的高新技术企业认定，其中10547家是原有高新技术企业，占新认定企业总数的76.3％。
2009年前十个月，又有2760家企业通过认定，大部分原有高新技术企业则被拒之门外。高新企业认定的实际操作尺度过于“宽容”，正是虚假申报存在的空间。这种宽松传统，在过去20年使中国高新企业总数和总产值一直呈现出虚假繁荣景象。
中国对高新技术企业的认定和统计，最早于1989年在广东起步。据悉，广东省科委在1989年起草全国的高新技术企业认定标准时，最初曾希望按照国际通行的口径，即主要根据企业研究开发经费与销售额之比，通过设置某一界定值，选择出统计对象。然而即使以较低的水平设置界值，如国际为6％，中国以2.117％为标准，当年广东符合入选标准的企业仅有86家，全国其他地区的情况就显得更加惨淡。
于是，广东提出“产品法”统计办法，即参照美国尖端技术产品（atp）分类体系，设置了中国的高新技术产品目录，将计算机与通信等九大类产品纳入其中，企业的总销售额中只要有50％的产品属于该目录范围，无论该产品是自主研发还是来料加工，甚至是仿制，都可获评高新技术企业。这样，各地统计数字就显得“好看多了”。这时获得认定的高新企业有荣誉、无实惠。
1991年，国务院发布《国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法》，认定标准仍主要采用“产品法”，但规定通过认定并进入国家高新技术产业开发区内的高新技术企业，可享受财政、税收、金融、贸易等一系列优惠政策。
2008年出台的《办法》，尽管对技术研发投入设定更为严格的标准，也没能扭转乾坤。2009年3月起，财政部牵头，国家审计署操刀，国税、地税及科技部门配合，对北京、上海、广东、江苏等地116家高新技术企业抽查发现，有85户不符合条件，不合格率高达73％，其享受的税收优惠达到36.31亿元。
审计报告披露，很多被抽查企业在知识产权、研发费用和高新技术产品收入等方面均不符合标准：有的企业虽已填写6项或以上知识产权，但是并无知识产权证书、转让合同或者独占许可合同予以支持；另一些企业虽然可提供知识产权证书，权利人却不是公司，也没有签署转让合同或者独占许可合同。审计还发现，企业每年研发费用比例不符合规定要求、高新收入占全年收入比例未达到60％、企业申报材料上有关高新产品收入总计与专项审计报告不符等情况比比皆是。
