目前中科红旗的经营已陷入困境。鉴于此，中科红旗将于8月与公司股东之一的中科院软件所旗下的另一个公司中科方德通过某种方式进行合并。合并后，中科红旗旗下的知识产权、品牌以及人员将一起并入新组建的公司。之所以选择中科方德为合并对象，主要鉴于中科红旗与中科方德的大股东同属中科院软件所，这样便于合并后中科红旗的品牌、知识产权及人员的后续整合。
从办公软件到操作系统，曾被认为是亚洲最大的linux（一种计算机操作系统的统称）发行商的北京中科红旗软件技术有限公司（以下简称中科红旗）面临困局。中科院软件所旗下的中科方德透露，中科红旗因遭遇经营困局，或将于本月被迫并入中科方德。中科红旗将与中科方德合并的消息。因为公司即将与中科方德合并，时下中科红旗的人员已大量流失。对此，中科红旗内部人士表示，目前中科红旗的人员流失确实严重，主要有两个原因：首先，基于中科红旗内部的调整所致；其次，目前如金山、用友等公司在冲刺 “核高基”过程中，纷纷加大人员招聘工作，并从中科红旗处挖了大量人才。
实际上，中科红旗也曾是中国操作系统领域的一面旗帜。1999年8月，孙玉芳团队发布红旗linux操作系统平台。2000年6月，为更好对红旗linux操作系统平台进行商业化运作，孙玉芳所在的单位中科院软件所联合上海联创共同出资65万元成立了中科红旗。
此后，中科红旗选择了产品化路线，即将旗下的操作系统做成“盒子产品”进行出售。2002年，公司相继中标多个政府采购项目，一时名声大震。 2004年，微软以“场地授权”方式中标北京市政府采购中的操作系统与办公软件等项目。微软将中科红旗的“根据地”北京市政府采购攻下，这给公司的“盒子产品”模式敲了警钟：“盒子产品”模式只能一次一次地卖，微软一旦“反攻”，攻陷一地就少一次机会。
