建行跨行互联网转账收费标准与原有跨行转账收费相同。建行试运行期间针对他行查询、转账签约实行免费，3个月后按照每月3元的费用收取，但跨行转账不会免费，目前无论从建行转他行，还是从他行转建行，手续费均由建行收取，收费标准为转账金额的0.5%，最低2元，最高50元。跨行查询不收费。
招商银行的“超级网银”收费标准则高于传统网银。招行“超级网银”无论本地还是异地，收费标准均为转账金额的0.6%，最低5元，最高50元；金卡客户可享受五折优惠，而金葵花客户则全免。招商银行的普通跨行转账方式，同城收费仅为2元/笔，快速转账方式，同城仅为3元/笔，假如转账金额为1万元，选择“超级网银”的费用比后两者分别高出48元和47元。已开通“超级网银”的银行客户服务热线获悉，成都地区属于这些银行的客户已经可以开始尝鲜“超级网银”带来的便利服务，但据中国银行客户服务热线的相关工作人员表示，由于系统仍在试运行阶段，目前不建议客户使用该系统。
中行、民生银行、中信银行等部分银行暂时不在试运行期间收取手续费之外，建行与招商银行目前针对“超级网银”进行收费，而招商银行在试运行期间“超级网银”的跨行转账的费用甚至比一般跨行转账更高。目前成都地区暂不属于“超级网银”的试点地区，因此市民想要享受到“超级网银”服务，只有在开通超级网银的银行之间，通过到各家银行签署服务协议后方能体验。若只进行跨行转账服务，市民不需要签署协议。
