《意见》共十六条，主要对侵犯知识产权刑事案件的管辖，行政执法部门收集、调取证据的效力，抽样取证和委托鉴定，犯罪构成要件的认定等问题予以了进一步明确。
针对通过信息网络实施侵犯知识产权的犯罪案件不断增多的问题，《意见》作出了明确、具有可操作性的规定。
互联网具有传播速度快、传播范围广、内容存储容量大、侵权作品与非侵权作品共网并存这些特点，一些地方的公安机关、人民检察院、人民法院对于通过信息网络实施侵犯知识产权犯罪行为的定罪量刑标准问题，对于如何把握或者如何认定存在不同的意见和认识。
《意见》由此规定：以营利为目的，未经著作权人许可，通过信息网络向公众传播他人文字作品、音乐、电影、电视、美术、摄影、录像作品、录音录像制品、计算机软件及其他作品，具有下列情形之一的，属于刑法第二百一十七条规定的“其他严重情节”：（一）非法经营数额在五万元以上的；（二）传播他人作品的数量合计在五百件（部）以上的；（三）传播他人作品的实际被点击数达到五万次以上的；（四）以会员制方式传播他人作品，注册会员达到一千人以上的；（五）数额或者数量虽未达到第（一）项至第（四）项规定标准，但分别达到其中两项以上标准一半以上的；（六）其他严重情节的情形。
此次《意见》最大的亮点在于对知识产权刑事案件程序的衔接和证据的搜集转化加以明确规定。
在2004年和2007年，两高关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题曾出台过两个司法解释，而此前的两个司法解释都是着眼于实体角度规范，缺乏程序方面的进一步解释。
目前知识产权刑事案件实务中面临最大的难题在于程序和证据上。集中反映在案件管辖、证据效力认定、行政执法和刑事司法衔接问题上。
目前案件管辖有两大突出问题，一是推脱管辖不愿立案，因为有时候侵犯知识产权的都是当地政府重点扶持的企业，当地政府出于地方利益考虑不愿意查处，公安机关不敢去管，二是因为查这个案件有利可图公安机关去争抢管辖权。
为解决管辖混乱问题，此次《意见》中针对规定两条原则，一是谁先受理谁管辖，二是由主要犯罪地的公安机关进行管辖。如果先受理的公安机关不是主要犯罪地的公安机关，双方都要管辖，谁来管？
《意见》中规定，如果多个侵犯知识产权犯罪地的公安机关对管辖有争议的，由共同的上级公安机关指定管辖。
关于行政执法部门收集、调取证据的效力问题如何认定，是否可以直接作为刑事证据在司法实务中一直是一大疑难问题。
根据刑诉法规定，刑事案件的证据收集应该是侦查机关收集，但知识产权很多案件的线索是行政执法机关在行政执法中发现，比如海关进出关过程中发现知识产权侵权行为构成犯罪，海关作为行政执法机关将案件移交给公安机关之后，行政机关移交的证据可否转化为刑事证据？
困扰了行政和刑事十多年的问题，此次《意见》规定，分两种情况做出了规定，对于行政执法部门依法收集、调取、制作的物证、书证、视听资料、检验报告、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录，在满足了“经公安机关、人民检察院审查，人民法院庭审质证确认”之后可以作为刑事证据使用。
而对于行政执法部门制作的证人证言、当事人陈述等调查笔录，公安机关认为有必要作为刑事证据使用的，则规定，应当依法重新收集、制作。
《意见》主要解决了知识产权刑事案件在管辖、证据效力转化等案件办理过程中具体操作中的疑难问题。而这些问题不仅仅是知识产权刑事案件办理中面临的问题，在环境犯罪案件、伪劣商品犯罪案件、税收犯罪案件等案件中都面临行政和刑事程序的衔接问题。
《意见》不仅对知识产权案件的办理有很好的指导作用，对环境犯罪案件、伪劣商品犯罪案件、税收犯罪案件等一系列经济行政犯罪案件的办理也都具有一定的借鉴参考作用。
1月11日，最高院、最高检和公安部联合发布《最高人民法院、最高人民检察院、公安部关于办理侵犯知识产权刑事案件适用法律若干问题的意见》.
最高人民法院表示，目前实践中普遍反映知识产权保护的相关法律及司法解释规定还不够明确具体，政策法律界限不易把握，法律适用疑难问题较多，影响了对侵犯知识产权犯罪及时有效的打击。而此次《意见》的出台旨在解决近年来公安机关、人民检察院、人民法院在办理侵犯知识产权刑事案件中遇到的新情况、新问题。对假冒注册商标罪的认定中，原先“与其注册商标相同的商标”认定上往往采用视觉上基本无差别，足以对公众产生误导的标准，而此次加以详细规定，改变注册商标的字体、字母大小写或者文字横竖排列，与注册商标之间仅有细微差别的，以及改变注册商标的文字、字母、数字等之间的间距，不影响体现注册商标显著特征的乃至改变注册商标颜色的都作为认定依据。
对于销售假冒注册商标的商品犯罪案件中“制作完了没卖出去”的未遂的情形加以明确了规定，以十五万元为界作为未遂的标准。
而在解决通过信息网络实施侵犯知识产权犯罪的定罪量刑的标准上《意见》也从非法经营数额、传播他人作品数量、作品被点击的次数、注册会员人数等方面作出了明确的、具有可操作性的规定。
